除了苦瓜减肥的功效，人们困惑的更多的是苦瓜会不会导致不孕。 据科学家研究发现，苦瓜确实有抗生育的作用，苦瓜蛋白在孕早期和孕中期抑制子宫内膜分化、干扰胚胎着床。
科学家们以小白鼠做实验，发现在怀孕早期和和中期，β-苦瓜蛋白能通过一系列反应抑制怀孕鼠子宫蜕膜化以及子宫内膜、基层细胞增殖，主要反应是：阻断受精卵继续孵化，降低胚泡附着、减少滋养层细胞向外生长、瓦及内细胞团发育等。但是在怀孕以前α-苦瓜蛋白和β苦瓜蛋白都不会影响卵泡的募集和成熟。
用很简单的话来说，就是苦瓜对正在怀孕(孕早期和中期)的人，有影响，吃多了可能导致流产，但是对于没有怀孕的人，不太有影响。 而对于男性来说，科学家们认为苦瓜蛋白会影响精子的正常发育和活性，但是这种影响是可逆的，也就是说生育能力会随着停止进食苦瓜而恢复正常的。 此外，一般人在进餐时吃的苦瓜的量是达不到影响生育能力的程度的。
关于苦瓜与不孕的关系，科学家们正在深入研究中，还没有得出最终结论。 广州仁爱医院生殖健康与不孕专家提醒说： 生育是个复杂的生理过程，不是说吃苦瓜就会得不孕!
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